擅自发行股票债券罪立案标准是发行数额在五十万元以上的；虽未达到上述数额标准，但擅自发行致使三十人以上的投资者购买了股票或者公司、企业债券的；不能及时清偿或者清退的；其他后果严重或者有其他严重情节的情形。
【法律依据】
《最高人民、关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第三十四条
未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）发行数额在五十万元以上的；
（二）虽未达到上述数额标准，但擅自发行致使三十人以上的投资者购买了股票或者公司、企业债券的；
（三）不能及时清偿或者清退的；
（四）其他后果严重或者有其他严重情节的情形。
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