法律分析：
保险公司拒绝赔付脑干疾病是否合理，需要根据保险合同中的约定及相关法律法规进行分析。如果保险合同中明确规定脑干疾病不属于赔付范围，则保险公司拒绝赔付是合理的。但如果保险合同中未明确排除脑干疾病的赔付范围，或者保险公司在保险合同中未做出明确约定，而仅仅是基于自己的解释而拒绝赔付，则需要进一步咨询律师。
法律依据：
1.《保险法》第二十四条：保险合同应当采取书面形式，明确保险标的、保险范围和保险金额等内容。
2.《医疗事故处理条例》第：保险合同应当按照双方约定履行，保险人不得变更或者解除合同，不得拒绝赔付合同约定的保险金。
3.《中华人民共和国合同法》第二十：合同订立后，当事人应当按照约定履行自己的义务。
4.《中华人民共和国民法典》第一百七十三条：保险人应当按照保险合同的约定承担保险责任。
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