一般及时作废后是没有什么影响的。但是要是已经被购买方认证的，按照其规定是不允许作废的，作废的话是要承担相应的法律后果的，如不能抵扣进项税额。
《中华人民共和国管理办法实施细则》
第二十七条
开具后，如发生销货退回需开红字的，必须收回原并注明“作废”字样或取得对方有效证明。开具后，如发生销售折让的，必须在收回原并注明“作废”字样后重新开具销售或取得对方有效证明后开具红字。
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