一般及时作废后是没有什么影响的。但是要是已经被购买方认证的，按照其规定是不允许作废的，作废的话是要承担相应的法律后果的，如不能抵扣进项税额。
《管理办法》第二十条
所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得。取得时，不得要求变更品名和金额。
第二十一条
不符合规定的，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
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