公司清算后，员工工资应在破产清算过程中支付。根据《企业破产法》规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，应清偿破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助等费用。
法律依据：
《中华人民共和国企业破产法》 第一百一十三条 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行规规定应当支付给职工的补偿金；
（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（三）普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
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