在采集鼻拭子标本时，棉棒会从鼻腔进入，如果规范操作的话对粘膜造成的刺激较小，但是因为看不到咽部采样位置，主要依靠的是手部感觉阻力，所以对于操作者来说要求的技术更高，采用的工具也更复杂一些。
如果操作不当时就会对鼻粘膜造成一定的刺激，所以对于患有鼻窦炎、过敏性鼻炎的患者来说不建议做鼻拭子，以免对鼻腔造成损伤。
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