太阳大气层分三层，从内而外分别是光球层、色球层、日冕层，依次对应的活动分别是太阳黑子、耀斑、太阳风。其中光球是一层不透明的气体薄层，光球表面有时会出现一些暗的区域，它是磁场聚集的地方，即为太阳黑子。太阳黑子是太阳活动的基本标志。
色球包围在光球层之外，是一个充满磁场的等离子体层。由于磁场的不稳定性，常常会产生剧烈的耀斑爆发，以及与耀斑共生的爆发日珥、冲浪、喷焰等许多动力学现象。
日冕是太阳大气的最外层，由高温、低密度的等离子体所组成。日冕上有冕洞，而冕洞是太阳风的风源。太阳风形成的带电粒子流造成了地球上的极光。
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