开放实验操作方法

利用EBI的ClustalW服务器（http：//www2.ebi.ac.uk/clustalw）对5个载脂蛋白进行多序列比对。这5个蛋白是人类的视黄醇结合蛋白（retinol binding protein,NP_006735）,老鼠的视黄醇结合蛋白（retinol binding protein, BAB25881）,人类的脂蛋白D(apolipoprotein D, NP_001638), 老鼠的主要尿蛋白4（major urinary protein 4, P11590）,大肠杆菌的外膜脂蛋白。每一种蛋白质序列均采用Entrez的FASTA格式。蛋白质序列可以从NCBI上检索得到。

一般程序是，首先是继续两两比对，然后根据各序列的远近关系建立辅助导向树。利用ClustalW网络服务器上的JalViewer工具可以观察图形化的导向树。树的分支长度反应了序列之间的距离。

常用的蛋白质和DNA多重序列比对软件，通过对序列的精确比对，可以得出不同序列间相似性和差异度数据，并可以使用其他软件进行查看输出的结果，生成直观的进化树

Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分，Clusal可以输出用于构建进化树的数据。

Clustal程序有许多版本，ClustalW（Thompson等，1994），根据对亲缘关系较近的序列间空位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。同样，相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小，推测该位点的序列变异性。

ClustalX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。