合作社法人变更程序如下：
1、法定代表人签署的《农民专业合作社（分支机构）变更登记申请书》；
2、成员大会或者成员代表大会作出的变更决议；
3、法定代表人签署的修改后的农民专业合作社章程或者章程修正案；
4、法定代表人指定代表或者委托代理人的证明；营业执照正、副本；
5、农民专业合作社变更成员出资总额的，还应当提交全体出资成员签名或盖章、法定代表人签署的修改后的《农民专业合作社成员出资清单》；
6、农民专业合作社变更住所的，还应当提交新的住所使用证明；
7、农民专业合作社变更业务范围涉及法律、行规或者决定规定须经批准的项目的，还应当提交有关许可证或者批准文件；
8、农民专业合作社变更法定代表人姓名登记的，还应当提交拟任法定代表人签名的《农民专业合作社法定代表人登记表》。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国公司法》
第十三条
公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。
