港澳通行证在哪里办如下：
1、到户籍所在出入镜管理局办理；
2、在户籍所在省的省级出入境厅办；
3、在允许非户籍人士办理的城市办。港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国出入境管理局签发给中国内地居民因私往来或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
一、办理出入境证要哪些手续？
1、赴港旅游或考察的申请人可向使馆递交申请，亦可通过使馆将有关申请转交入境事务处审批；
2、护照：有效期为6个月以上、有空白签证页的护照原件及护照照片资料页复印件1份；
3、申请表及照片：填写中国签证/进入许可申请表格，提交1张护照照片；
4、申请人在越南的居 /停留身份证明：如暂住证、工作签证、学生签证等原件和复印件；
5、根据访港目的，提供证明文件。
二、办理时间：
1、使馆权限内审发的进入许可，办理时间为4个工作日；
2、需转送特区入境事务处的进入许可申请，时间不确定。可能需要1个月或更长。
三、申请费用：
1、自行联系特区入境事务处提交的申请，须按特区入境事务处要求缴纳进入许可费用；
2、向使馆递交的申请，进入许可费用为10美元/人（普通件）；
3、需转送特区入境事务处的申请，无论是否批准，需申请人向使馆额外支付邮寄费用。
综上所述，港澳通行证应当在公民所在地的出入境管理处或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。
【法律依据】：
《中华人民共和国出入境管理法》第九条
中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。
中国公民前往其他国家或者地区，还需要取得前往国签证或者其他入境许可证明。但是，中国与其他国家签订互免签证协议或者、外交部另有规定的除外。
中国公民以海员身份出境入境和在国外船舶上从事工作的，应当依法申请办理海员证。
第十条
中国公民往来内地与特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来与地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由规定。
第十一条
中国公民出境入境，应当向出入境边防检查机关交验本人的护照或者其他旅行证件等出境入境证件，履行规定的手续，经查验准许，方可出境入境。
具备条件的口岸，出入境边防检查机关应当为中国公民出境入境提供专用通道等便利措施。
