1、变造国家机关印章罪的，一般处三年以下有期徒刑、拘役、管制，并处罚金。
2、属于严重犯罪情节的，则应处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
对变造国家机关印章罪处三年以下有期徒刑、拘役、管制，并处罚金，或者三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。变造国家机关的印章后，又利用该印章实施其他犯罪的，从一重罪论处，不实行数罪并罚。本罪侵犯的对象是公文、证件、印章，且仅限于国家机关的公文、证件和印章。
根据《刑法》第二百八十条的规定，【伪造、变造、买家机关公文、证件、印章罪】【盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪】伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
一、变造国家机关印章罪的构成要件是什么
1、本罪的主体是一般主体；即凡是达到法定刑事责任年龄、具有刑事责任能力的人均可构成本罪。
2、本罪行为人在主观方面是故意；本罪往主观方面只能出于直接故意，间接故意和过失不构成本罪。
3、本罪侵犯的客体是国家机关的正常管理活动和信誉；国家机关制作的公文、使用的印章和证件是其在社会的一定领域、一定方面实行管理活动的重要凭证和手段。任何伪造、变造、买家机关的公文、证件、印章的行为，都会影响其正常管理活动，损害其名誉，从而破坏社会管理秩序。
4、本罪在客观方面表现为变造国家机关印章的行为。
伪造、变造或者买家机关的公文、证件、印章的，应当立案。本罪是行为犯，只要行为人实施了伪造、变造或者买家机关公文、证件、印章的行为，原则上就构成犯罪，应当立案追究。
