机关让交5000的保证金一般是没有问题的，机关的取保候审保证金起点为1000元，没有年龄男女的差异，1000元为起点，上不封顶，取保候审的金额一般由犯罪的罪名、犯罪嫌疑人的社会危害性、犯罪嫌疑人的家庭经济情况等因素综合考虑。往往保证金数额应该综合考虑犯罪嫌疑人所犯罪行的性质以及其行为所带来的方方面面的影响来进行决定，往往对于相对而言比较恶劣的轻微犯罪行为，保证金缴纳比较高，对于觉得主要的保证金超出了罪行该有的情形建议咨询专业律师。但是取保候审期满后，取保人如果没有违反取保候审期间法规的，保证金可以退回。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第七十一条 被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人应当遵守以下规定：
（一）未经执行机关批准不得离开所居住的市、县；
（二）住址、工作单位和联系方式发生变动的，在二十四小时以内向执行机关报告；
（三）在传讯的时候及时到案；
（四）不得以任何形式干扰证人作证；
（五）不得毁灭、伪造证据或者串供。
人民、人民和机关可以根据案件情况，责令被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人遵守以下一项或者多项规定：
（一）不得进入特定的场所；
（二）不得与特定的人员会见或者通信；
（三）不得从事特定的活动；
（四）将护照等出入境证件、驾驶证件交执行机关保存。
被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人违反前两款规定，已交纳保证金的，没收部分或者全部保证金，并且区别情形，责令犯罪嫌疑人、被告人具结悔过，重新交纳保证金、提出保证人，或者监视居住、予以逮捕。
对违反取保候审规定，需要予以逮捕的，可以对犯罪嫌疑人、被告人先行拘留。
