社保停缴后可以交农村合作医疗。具体如下：
1、社保转新农合属于高转低，社保转新农合即当月缴纳新农合费用次月享受新农合待遇，以后缴费是一年一度，终身缴费；
2、首先转农保，需要停掉社保，并且携带原单位参保的社保局开具缴费凭证，以及本人身份证、户口本回户籍所在地，直接去乡镇社保所办理参保即可，但是职工医保和新农合医保享受的待遇有所不用，职工医保报销比例比农村医保要高，建议可以先挂靠到公司名下继续缴纳社保，也可以尽快找到新工作将医保续上。
农村合作医疗在网上缴费的流程：
1、手机安装打开交医保的相关软件，在主页注册账号登录以后选择【参保缴费】这个选项点击进入；
2、会跳转到一个新的界面，选择第一个选项【居民医保缴费】点击进入就可以；
3、可以选择为其他人缴费，只要【切换家庭成员】即可，不过低保户、学生则需要去社区缴费，没问题的话点击【去缴费】；
4、在【居民医保缴费】下面，会有需要交医保的相关选项，根据自己的选择来点击【下一步】就可以。提示应缴金额，在勾选【本人已同意缴费须知】以后选择点击【缴费】即可。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第四条
中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
