处理劳动合同纠纷中谁负有举证责任，要视情况而定，具体如下：
1、谁申请劳动仲裁的，一般由谁承担举证责任，例如劳动者申请的，由劳动者承担举证责任；
2、下列情形应由用人单位负举证责任：
（1）因用人单位做出开除、除名、解除劳动合同；
（2）减少劳动报酬、计算劳动工作年限等决定；
（3）因用人单位未按照劳动合同约定支付劳动者报酬、拒绝依法缴纳社会保险费或者提供劳动条件，使劳动者提出解除劳动合同而发生劳动争议的；
（4）法律、法规规定的其它情形。
劳动合同纠纷有效的处理方式如下：
1、协商处理，发生劳动合同的民事纠纷首先应该考虑通过协商的途径来解决，劳动者可以与用人单位通过自愿协商的方式协议来消除矛盾；
2、向仲裁机构申请仲裁，仲裁是解决劳动纠纷的重要手段，具有灵活、快捷、强制执行效力的特点；
3、未约定仲裁协议或者对裁决结果不服的，可以向人民提起诉讼。
综上所述，在劳动争议解决过程中，提出自己主张的当事人有举证责任。根据法律规定，发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条
发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
