全勤奖不应从工资中扣除，应作为项目列在工资单中。全勤奖是为了规范人力资源管理制度，提高员工积极性和效率的奖惩制度。具体请假工资按规定发放，如事假、工伤假、产假和探亲假等。
法律分析
对于全勤奖从工资里扣除合法吗这个问题，解答如下:
全勤奖属于奖金，在工资单里应该是单独的一个项目，不能算在基本工资里一起扣的。一般全勤奖这样算:
当月无论请事假或病假(不计时)，均扣除本月100%全勤奖。
当月旷工一次即扣除100%全勤奖。
当月旷工一次即扣除100%全勤奖。如下图:
全勤奖是为规范人力资源管理制度，完善内部奖惩管理规定及福利制度，提高员工的工作积极性和工作效率，促进公司管理工作而设置的一项奖惩制度;它属于奖金，不包括在基本工资范畴内。
具体请假工资按照以下标准发放:
事假工资:劳动部规定:职工本人结婚或职工的直系亲属死亡，由本单位行政领导批准酌情给予1-3天的婚丧假。如结婚双方不在同一地工作，直系亲属死亡在外需要本人前去料理的，可根据路程远近，另给予路程假。在批准的婚丧假和路程假期间，职工的工资照发。对企业职工的一般事假，由于职工在进行加班加点工作时，可以享受加班加点工资待遇，所以，一律不发给工资。对企业的行政管理人员、工程技术人员、由于他们不享受加班加点工资待遇，所以，这些人员请事假每一季度在两个工作日以内的，工资照发，超过天数的不计发工资。机关、事业单位的职工请事假的，工资照发。
工伤假工资:职工因工伤，在医疗期间，工资照发。
产假工资:女职工产假(包括流产假)期间工资照发，并且不得在女性怀孕期、产期、哺乳期降低其工资。
探亲假工资:根据的有关规定，职工有规定的探亲假期间，按照本人的标准工资照发工资。
结语
全勤奖应作为项目列入工资单，不得与基本工资一同扣除。全勤奖是为规范管理制度、提高员工积极性和效率而设立的奖惩制度，属于奖金范畴，不包括在基本工资内。具体请假工资按照相关规定发放，如事假、工伤假、产假和探亲假期间，工资应按照规定标准照发。
法律依据
中华人民共和国社会保险法：第十一章 法 律 责 任 第八十五条 用人单位拒不出具终止或者解除劳动关系证明的，依照《中华人民共和国劳动合同法》的规定处理。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第六章 监督检查 第七十四条 【劳动行政部门监督检查事项】县级以上地方劳动行政部门依法对下列实施劳动合同制度的情况进行监督检查：
（一）用人单位制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度及其执行的情况；
（二）用人单位与劳动者订立和解除劳动合同的情况；
（三）劳务派遣单位和用工单位遵守劳务派遣有关规定的情况；
（四）用人单位遵守国家关于劳动者工作时间和休息休假规定的情况；
（五）用人单位支付劳动合同约定的劳动报酬和执行最低工资标准的情况；
（六）用人单位参加各项社会保险和缴纳社会保险费的情况；
（七）法律、法规规定的其他劳动监察事项。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十四条 【劳动合同的终止】有下列情形之一的，劳动合同终止：
（一）劳动合同期满的；
（二）劳动者开始依法享受基本养老保险待遇的；
（三）劳动者死亡，或者被人民宣告死亡或者宣告失踪的；
（四）用人单位被依法宣告破产的；
（五）用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的；
（六）法律、行规规定的其他情形。
