1、专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后，认为不符合要求的按以下情形处理：
(1)应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改；
(2)无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。
2、法律依据：《中华人民共和国专利法》
第三十七条
专利行政部门对发明专利申请进行实质审查后，认为不符合本法规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对其申请进行修改；无正当理由逾期不答复的，该申请即被视为撤回。
一、发明专利实质审查的程序
实质审查程序从实质审查部门接收文档流程管理部门送达的申请案卷开始，到发出授予发明专利权的通知、发出专利申请被视为撤回的通知、作出驳回申请的决定且该决定生效或者申请人撤回申请为止。
在发明专利申请的实质审查中可能发生的行为如下：
1)对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改；审查员发出审查意见通知书(包括分案通知书)和申请人答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回；
2)对经实质审查没有发现驳回理由、或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的发明专利申请，审查员应当发出授予发明专利权的通知；
3)发明专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列的缺陷的，审查员应当予以驳回；
4)申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书逾期不答复的，专利局应当发出申请被视为撤回通知书。
