公司电子章申请办理流程如下：
1、依法批准设立或者登记的证件、文书；
2、有上级或者主管部门的，应当出具上级或者主管部门的介绍信；无上级或者主管部门的，提供法定代表人、经营者或者主要负责人的委托授权书；
3、提供经办人有效身份证件原件、复印件及联系方式；申请制作具有法律效力的个人名章的，应当提供本人有效身份证件、单位介绍信、委托授权书；
4、需要制作包含外文或者少数民族文字电子印章的，应当提供经本单位或者机构确认的翻译文本。
电子印章的申请使用电子印章的组织首先需要到电子印章中心申请电子印章，在履行完正常手续并确认无误、合法的情况下，为申请者制作电子印章，并将制作好的电子印章导入特定的存储介质。
一、电子合同是否有效
可靠电子签名的有效性受法律认可。加盖电子印章的合同有效。
根据《电子签名法》的规定，锁定签约主体真实身份、有效防止文件篡改、精确记录签约时间的电子合同才被法律认可。
第三方电子合同平台同时做到了以下三点，充分保证电子公章其签署的电子文件的法律效力：
①CA机构颁发CA证书/eID认证系统：采用国家机构认证技术，确保电子公章使用主体真实身份②防篡改技术：采用国际通用哈希值技术固化原始电子文件数据，轻松识别文件是否被篡改③第三方取时技术：精确记录签约时间
我国《电子签名法》明确规定，民事活动中的合同或者其他文件、单证等文书，当事人可以约定使用或者不使用电子签名、数据电文。当事人约定使用电子签名、数据电文的文书，不得仅因为其采用电子签名、数据电文的形式而否定其法律效力。以下情形不适用电子印章：
一、涉及婚姻、收养、继承等人身关系的二、涉及土地、房屋等不动产权益转让的三、涉及停止供水、供热、供气、供电等公用事业服务的四、法律、行规规定的不适用电子文书的其他情形。
二、烟草专卖许可证的程序
1．申请
为充分体现便民的原则，《烟草专卖许可证管理办法》提供了多种申请渠道。申请人提出申请时，可以直接到当地县级烟草专卖局大厅申请，具备条件的地方也可以网上申请。通过信函、电报、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出申请的，由受理机关将其转换为格式文本并经申请人确认。申请人可以委托代理人提出申请，代理人应当提供委托书、委托人及代理人的身份证明。申请表格可以从经营场所所在地的县级烟草专卖局领取。已经建立烟草专卖管理所的地区，还可以通过专卖管理所申请。
2．受理
受理过程中，若申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照要求提交了全部补正申请材料的，县级烟草专卖局应当受理，并将加盖专用印章的《受理行政许可通知书》送达申请人；不予受理的，烟草专卖局应负责将加盖专用印章的《不予受理行政许可通知书》送达申请人。
3．实地核查
烟草专卖局受理后，会指派两名以上工作人员到经营场所进行核查，核查申请内容与实际情况是否一致，并结合当地烟草制品零售点合理布局的要求，提交核查结果。
4．审核审批
烟草专卖局的审核部门根据有关法规和当地烟草制品零售点合理布局的要求，对申请人提交材料的真实性、合法性、有效性、完整性等进行审核，并提出是否办理的意见，提交审批人审批。
5．决定
一般情况下，烟草专卖局会在受理之日起20个工作日内依法作出决定。予以许可的，烟草专卖局作出准予行政许可的决定，并在十日内向申请人送达烟草专卖零售许可证。
