年底不结清工资是否合法需要根据具体情况确定。年底不结清工资，如果没到约定的结清期限，是合法的；如果超过了约定的结清期限，则是不合法的。
工资是指雇主或者法定用人单位依据法律规定、或行业规定、或根据与员工之间的约定，以货币形式对员工的劳动所支付的报酬。工资可以以时薪、月薪、年薪等不同形式计算。在中国，由用人单位承担或者支付给员工的下列费用不属于工资：
1、社会保险费；
2、劳动保护费；
3、福利费；
4、解除劳动关系时支付的一次性补偿费；
5、计划生育费用；
6、其他不属于工资的费用。
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
1、用人单位代扣代缴的个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3、判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
4、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
【本文关联的相关法律依据】
《工资支付暂行规定》 第六条 用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。
用人单位可委托银行代发工资。
用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
《工资支付暂行规定》 第七条 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
