旷工一天扣三天工资不合法。
旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。旷工是指员工请假没有获得批准或没有履行请假手续而未到岗上班的行为。
对于劳动者的旷工行为可以通过以下方式处理：
1、行政处分，直至解除劳动合同。对于有旷工行为的职工，用人单位根据旷工的天数可以规定不同处分层级，比如警告、严重警告，直至解除劳动合同；
2、赔偿损失，如果因为劳动者旷工使用人单位遭受经济损失的，用人单位可以向其主张损失赔偿。比如值班人员不到岗导致单位被盗；
3、扣减绩效考核分数，比如单位可以将绩效考核分数与绩效工资挂钩，并规定旷工一天，扣减绩效考核分数5分。劳动者旷工导致绩效考核分数降低，绩效工资自然降低；
4、扣减奖金，在法律上，奖金支付属于企业自主权范畴，用人单位在制定奖金发放时，完全可以规定：旷工一天，免除当月全部奖金。
一、用人单位以考核扣工资合法么
绩效考核扣工资不合法。绩效工资是通过考核员工进行分配的工资，一般包括指标完成、质量考核、安全考核等各方面，应该是奖金部分，不应该与基本工资挂钩。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
二、下班忘记打卡,就要扣一天工资,这样对吗?
劳动者上班有打卡记录，下班忘打卡被公司扣工资是违法的。而下班忘打卡被公司当做旷工一天扣工资这种做法，用人单位的行为属于一种无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，要求用人单位支付其被克扣的工资。
