法律分析：
公司制度规定旷工扣三倍工资是不合法的,中劳法中有明确条例,在伤害人身健康以及利益的情况下签署的合同无效,而且中劳法有规定,扣除工资最高只是当日工资的百分之七十,或月终奖金的百分之三十。
法律依据：
《工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民申请支付令，人民应当依法发出支付令。
