SPM中文手把手教程:多种数据转换的方法
更有进步和乐趣.写教程是最艰巨的工程,许多错误和遗漏,欢迎大家批评补充.
使用SPM进行数据处理前,必须先将其它档案格式转换成spm可以读取的Analyze档案格式,包含.img档和.hdr标头档,相关的转档软件有XMedCon和MRIcro. 1.利用AFNI数据转换
首先使用afni的三维数据重建: to3d -time:tz 177 20 2s altplus * 生成+orig文件 然后: 3dAFNItoAnalyze -4D -orient LPI *epi+orig 将生成*.hdr与*.img文件. (*代表你所用的任意文件名)
然后打开MRIcro软件:
选择要转换的hdr,img文件, processing, ok.
选择面板上部 File --Save as 4d to 3d --- Save as intel ---Save (这里有点忘了:))
2.直接用MRIcro转换:(此部分转自核医学论坛)
1。点Import/convert foreign to analyze,在出现的对话框中，number of files为你的数据的总文件数，slice increment＝1，volume increment＝0，volumes为你的实验的volume数。填好后，先点design，后点select，然后选中你的数据的第一个文件。然后保存。
2。点file/open，打开刚才保存的img文件。
3。点file/save as ...[rotate/clip/format/4D-%26gt;3D],然后点击“save intel”。即可 这样保存后的文件就可以被SPM处理了
MRIcro的Import-%26gt;Convert中的volume可以理解为完整头部像数目。在从GE Signa 1.5T 中获得的fMRI Dicom数据中，是1个slice存成一个dicom image文件，因此，volume数，也就是整个dicom image目录所包含的完整头部扫描图像数目，等于 整个dicom image目录下所有单个slice dicom image文件除于实验时设置的slices数。
简单地说，一个fMRI实验，层数为16，获得512个slice dicom image文件，则其volumes=512/16=32。
注: SPM的dicom import是可以导入dicom文件，但导入的这些图像还是2D的，不是3D的，不能用于fMRI分析。要先把2D的slice重建成3D的volume，就可以用于fMRI分析了。MRIcro可以干这活:
先把3次BOLD的文件分别移动到三个不同的文件夹里，然后用MRIcro依次导入转换每个目录的slice dicom file成一个ANALYZE文件（4D的），再另存为多个img，hdr文件（4D－%26gt;3D），个数就是volume数，也就是目录下文件数除于层数。（这是针对从GE Signa 1.5T 上刻录的光盘上的dicom格式数据来讲的，其它机器的数据存放方式可能有所不同，请相应具体分析）
3.使用XMedCon转换PET数据:
将有Brain影像的档案由MO片读出,档案格式为 .v档转. 例如:Chang_10_9e2_de11.v_8220_49y
Chang_10_9e2_de11.v为档名,8220为病例号,49y为年龄. 使用XMedCon将.v档转为analyze档. 打开XMedCon:
选film打开open档案: 选择要转档的档案后,按OK: 出现影像:
再选film并save as analyze: 储存於设定的资料夹后按OK:
按OK后,此时档案格式转为.hdr及.img 由刚储存的资料夹检视:档案转为.hd及.img
由matlab打开spm2: 首先打开matlab: 选择新档案存放的资料夹:
在Command Window键入:addpath D:statistical activation images重叠於解剖影像anatomical image之上.
zhuzude 溅出的水花儿： 我的问题是，现在我们都用AFNI直接做配准，但是手工的活,对于新手来说是比较辛劳的,有没有已经发表的文章，是采用SPM来配准，但是用AFNI进行数据处理的?我找了一下,没找着.
>>> 2007-03-19 16:18
cell 溅出的水花儿： 现在AFNI也可以自动配准了 看@auto_tlrc命令
>>> 2007-03-19 17:22
新皮层 溅出的水花儿： 但是据个人经验,使用@auto_tlrc要慎重, 完成之后最好手动检查一下对齐效果
>>> 2007-03-19 18:05
cell 溅出的水花儿： 嗯
在做@auto_tlrc之前最好还是手动校正一下,能自己去头皮最好 另说句玩笑话:
用SPM做,你连手动的机会都没有\"\"\" 用AFNI至少能监控一下^_^
>>> 2007-03-21 08:25
cell 溅出的水花儿： 1.利用AFNI数据转换 i%26X k- Cv(vXX2
首先使用afni的三维数据重建: to3d -time:tz 177 20 2s altplus * 生成+orig文件 j__8mES6 然后: 3dAFNItoAnalyze -4D -orient LPI *epi+orig L%26gt;lAv7[%26gt;3 将生成*.hdr与*.img文件. (*代表你所用的任意文件名) 0c:(a/Pm3
这里的LPI是要根据你采集数据的三个方向来定的 注重\"
最好一开始就搞清楚 否则后患无穷
>>> 2007-03-21 08:26
新皮层 溅出的水花儿： 对,方向问题很重要. 现在有些实验室在大脑一侧放置鱼肝油来帮助确定方向. 不然还真不好分清.
>>> 2007-03-26 05:15
micphone 溅出的水花儿： 支持！
>>> 2007-04-02 20:13
eurostar 溅出的水花儿： very good discussion!
>>> 2007-04-11 19:40
爱恨情愁 溅出的水花儿： 支持！
>>> 2007-04-18 03:24
whtuye 溅出的水花儿： 谢谢分享！
3T GE使用MRIcro转换DICOM成ANALYZE也是一样的（SPM）处理
不过PHILIPS就不一样了
>>> 2007-05-02 00:34
sunboy4554 溅出的水花儿： 要是有截图就更好了
辛劳啦
>>> 2007-05-03 20:43
hyuniv 溅出的水花儿： 好问一顶要顶
>>> 2007-05-12 15:19
binggo 溅出的水花儿： 呵呵，顶顶
>>> 2007-05-12 17:48
candy 溅出的水花儿： AFNI做的也是FMRI吗?AFNI与SPM两者的区别是什么啊?请指教一下啊
>>> 2007-05-14 09:38
yangqiu 溅出的水花儿： 支持原创
>>> 2007-06-05 19:19
cell 溅出的水花儿： 等忙完了这段时间的答辩,得好好写写AFNI的操作流程
>>> 2007-06-05 22:19
netlab 溅出的水花儿： 总版的这个决心一定要大力支持, 使劲儿顶!
>>> 2007-06-06 00:33
pp06 溅出的水花儿： 学习中
>>> 2007-06-11 17:01
eurostar 溅出的水花儿： Quote:引用第15楼candy于2007-05-14 09:38发表的 : AFNI做的也是FMRI吗?AFNI与SPM两者的区别是什么啊?请指教一下啊
see this link: >> [2007-06-11 19:56
mwm_mwm 溅出的水花儿： 支持免费！
>>> 2007-06-12 00:06
sas2007 溅出的水花儿： 感谢分享
>>> 2007-07-09 01:34
cell 溅出的水花儿：
>>> 2007-07-30 08:33
pp06 溅出的水花儿： up up up
>>> 2007-07-30 15:23
yangfeng 溅出的水花儿：
>>> 2007-08-16 17:13
fc20072007 溅出的水花儿：
>>> 2007-08-19 19:08
luoli11 溅出的水花儿：
>>> 2007-08-22 12:12
可用@auto_align自动配准 严重支持 顶啊，顶啊 希望有时间也可以翻文章给大家，英文看的好累的说。
mike762001 溅出的水花儿： 真是太有用了!真是謝謝您!
>>> 2007-08-23 10:55
heminchao 溅出的水花儿： 问题是这些软件都不能调整图象的方向啊，如何调整呢„„SPM中没有嘛
>>> 2007-09-23 23:52
支书 溅出的水花儿： 谢谢啦
>>> 2007-10-20 19:00
jacky83yu 溅出的水花儿： 收集起来作成教程文件吧
>>> 2007-12-20 09:29
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