超付工程款追究相关领导的责任。超付工程款的处理方式如下：
1、工程款超付的可能会构成玩忽职守罪，相关领导超付金额使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；
2、情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
超付的工程款处理如下：
1、如果工程竣工后双方就工程款产生了纠纷的，可以私下协商调解；
2、如果协商调解不成的，可以诉诸让裁决。
工程款的付款方式如下：
1、施工单位提交预付款《工程款支付申请表》给预算专员，施工单位项目经理要签字确认；
2、预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》然后交给财务部；
3、财务部再次复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》交给出纳安排付款。
法律依据：《中华人民共和国刑法》第三百九十七条
【滥用职权罪；玩忽职守罪】国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
国家机关工作人员徇私舞弊，犯前款罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
