发生合同纠纷当事人可以协商，合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。具体处理方式如下：
(1)调解。合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
(2)仲裁。合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
(3)诉讼。如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到，寻求司法解决。
法律依据：《民法典》第一百八十 向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
