农村宅基地纠纷的调解程序如下：如果纠纷双方是个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，当事人可以向乡级处理；如果纠纷双方是单位与单位之间发生的争议案件，当事人可以向争议土地的县级国土资源行政主管部门调查处理。
【本文关联的相关法律依据】
《土地权属争议调查处理办法》第五条
个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。前款规定的个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级受理和处理。
第六条
设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：
(一)跨县级行政区域的；
(二)同级、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。
