万历年间，五台山佛教更加兴盛。明神宗重修大白塔，为母祈福;敕造《大藏经》送五台山2藏<现存于显通寺的水陆法会殿共3120本是现在国内保存下来最完整的大藏经>;遣使于五顶和狮子窝设弘福万寿报国佑民吉祥大斋;又先后几次送《大藏经》6藏，于狮子窝与五台顶安置，修建狮子窝万佛塔及五顶寺院，并在五台山设水陆法会，供养全山僧众。其母李太后出钱于五台山修建寺院。其时五台山寺院剧增，全山达104多座，僧侣众多，佛事兴盛。宗派以禅宗和藏传佛教为盛，而华严、律宗、净土诸宗皆有。
清朝建立以后，康雍乾嘉四帝，无论其本人信佛与否，都相续不断地奉行着尊崇佛教。到康、雍、乾朝，尊崇佛教，尤尊藏传佛教，已经成为一项基本国策。而五台山是中国佛教名山中唯一的清黄庙并存的汉藏佛教圣地，且离京城较近，于是清朝诸帝便特别重视扶持五台山佛教。从顺治皇帝起，即重视利用黄教来加强蒙古地区与朝廷的联系，借以融洽民族关系。
顺治皇帝曾两次派数十名喇嘛到五台山，作护国佑民道场;命阿王老藏住持五台山真容院，督理番汉僧众。康熙皇帝从康熙二十二年(1684)以后，先后五次朝台，遍礼台顶，朝拜各庙，赐题碑文匾额，还亲封菩萨顶大喇嘛丹巴扎萨克为清修禅师，赐提督印和斩杀剑，命山西全省按时进贡钱粮。常住镇海寺的章嘉呼图克图则受命统辖蒙古和青海的佛教事务。乾隆皇帝继位后，效法其祖，曾六次朝台，广题诗文匾额，屡拨巨款，重修寺院。嘉庆皇帝继位后，也到五台山朝拜一次。
